Respeitando o art. 57 do Estatuto, as Apaes de todo o Brasil realizam eleições para o corpo diretivo no próximo mês de novembro, dando fim ao triênio administrativo da gestão anterior, elegendo novos voluntários ou reelegendo os atuais para os próximos três anos.
Na Bahia, são 75 Apaes que passarão pelo processo eleitoral. Serão eleitos membros da Diretoria Executiva, do Conselho Fiscal e do Conselho de Administração.
As chapas são formadas por sócios ativos da respectiva Apae e com no mínimo 1 ano de associação. É proibida a participação de funcionários com vínculo direto e indireto. Para a Diretoria Executiva, também é vedada a eleição de conjugues, companheiros, parentes consanguíneos ou de até 3º grau na mesma chapa.
A eleição acontece durante uma Assembleia Geral Ordinária, convocada com prazo mínimo de um mês pelo atual presidente de cada Apae. São eleitos cerca de 19 associados, sendo 8 na Diretoria Executiva, 6 no Conselho Fiscal e no mínimo 5 no Conselho de Administração.