As 76 unidades APAE do Estado da Bahia estão subdividas em 10 Coordenações Regionais:
1. REGIÃO METROPOLITANA DE SALVADOR (Amarelo) Coordenadora: Lícia Mattos Silva (Apae Camaçari) Camaçari, Dias D'Ávila, Madre de Deus, Salvador e São Francisco do Conde
2. REGIÃO RECÔNCAVO (Rosa) Coordenadora: Tânia de Santana Borges (Apae Santo Estevão) Conceição da Feira, Cachoeira, Governador Mangabeira, Muritiba, Santo Estevão, São Felix e Santo Amaro
3. REGIÃO LITORAL NORTE (Verde claro) Coordenadora: Dalva Maria Alves Calmon (Apae Alagoinhas) Alagoinhas, Amélia Rodrigues, Entre Rios, Esplanada e Feira de Santana
4. REGIÃO NORTE (Verde) Coordenadora: Késia Araújo Reis (Apae Paulo Afonso) Euclides da Cunha, Irecê, Jacobina, Juazeiro, Paulo Afonso, Ruy Barbosa, Senhor do Bonfim, Sobradinh e Uauá
5. REGIÃO NORDESTE (Bege) Coordenadora: Núria Evangelista Moura Dias (Apae Teofilandia) Ichú, Ipirá, Retirolândia, Riachão do Jacuípe, Santa Luz, Teofilandia e Valente
6. REGIÃO OESTE (Preto) Coordenador: Ronei de Jesus Pereira (Apae Luis Eduardo Magalhães) Barreiras, Bom Jesus da Lapa, Carinhanha, Correntina, Luiz Eduardo, Riacho de Santana, Santa Maria da Vitória e Santa Rita de Cássia
7. REGIÃO SUDOESTE (Laranja) Coordenador: Nelson Batista Oliveira Filho (Apae Caetité) Brumado, Caculé, Caetité, Candiba, Érico Cardoso, Guanambi, Licínio de Almeida, Paramirim
8. REGIÃO SUDESTE (Azul escuro) Coordenadora: Daisy Cristina Rocha (Apae Vitória da Conquista) Gandu, Itambé, Itapetinga, Ipiaú, Jequié, Jitaúna, Vitória da Conquista
9. REGIÃO LITORAL SUL (Vermelho) Coordenadora: Juilma Cristina Nogueira de Santana (Apae Itabuna) Canavieiras, Ibicaraí, Ilhéus, Itabuna e Una
10. REGIÃO EXTREMO SUL (Azul claro) Coordenadora: Arlinda Souza Pires Vaz (Apae Guaratinga) Alcobaça, Caravelas, Eunápolis, Guaratinga, Itamaraju, Itanhem, Itabela, Medeiros Neto, Mucuri, Prado e Porto Seguro
