As 78 unidades APAE do Estado da Bahia estão subdividas em 10 Coordenações Regionais:
1. Região Metropolitana de Salvador (Amarelo) Coordenadora: Lícia Mattos Silva (Apae Camaçari) Camaçari, Dias D'Ávila, Madre de Deus, Salvador e São Francisco do Conde
2. Região Recôncavo (Rosa) Coordenadora: Tânia de Santana Borges (Apae Santo Estevão) Conceição da Feira, Cachoeira, Governador Mangabeira, Muritiba, Santo Estevão, São Felix, Santo Amaro
3. Região Litoral Norte (Verde claro) Coordenadora: Dalva Maria Alves Calmon (Apae Alagoinhas) Alagoinhas, Amélia Rodrigues, Cardeal da Silva, Entre Rios, Esplanada, Feira de Santana
4. Região Norte (Verde) Coordenadora: Késia Araújo Reis (Apae Paulo Afonso) Euclides da Cunha, Irecê, Jacobina, Juazeiro, Paulo Afonso, Ruy Barbosa, Senhor do Bonfim, Sobradinho, Uauá
5. Região Nordeste (Bege) Coordenadora: Núria Evangelista Moura Dias (Apae Teofilandia) Barrocas, Ichú, Ipirá, Retirolândia, Riachão do Jacuípe, Santa Luz, Teofilandia, Valente
6. Região Oeste (Preto) Coordenador: Ronei de Jesus Pereira (Apae Luis Eduardo Magalhães) Barreiras, Bom Jesus da Lapa, Carinhanha, Correntina, Luiz Eduardo, Riacho de Santana, Santa Maria da Vitória, Santa Rita de Cássia
7. Região Sudoeste (Laranja) Coordenador: Nelson Batista Oliveira Filho (Apae Caetité) Brumado, Caculé, Caetité, Candiba, Érico Cardoso, Guanambi, Licínio de Almeida, Paramirim
8. Região Sudeste (Azul escuro) Coordenadora: Daisy Cristina Rocha (Apae Vitória da Conquista) Gandu, Itambé, Itapetinga, Ipiaú, Jequié, Jitaúna, Vitória da Conquista
9. Região Litoral Sul (Vermelho) Coordenadora: Juilma Cristina Nogueira de Santana (Apae Itabuna) Canavieiras, Ibicaraí, Ilhéus, Itabuna, Una
10. Região Extremo Sul (Azul claro) Coordenador: Arlinda Souza Pires Vaz (Guaratinga) Alcobaça, Caravelas, Eunápolis, Guaratinga, Itamaraju, Itanhem, Itabela, Medeiros Neto, Mucuri, Prado, Porto Seguro
